I 1994 så en ny gruppe dagens lys i Afghanistan – Taliban (betyr de som studerer Koranen, sunni). Mange av grunnleggerne hadde vært afghanske flyktninger i Pakistan. Bak den nye gruppen sto en mulla (prest) i Kandahar, Mohammed Omar Akhund, bedre kjent som mulla Omar. Det kaoset og den volden som herjet landet på denne tiden, ga grobunn for en muslimsk fundamentalisme (Taliban) som i begynnelsen var populær i befolkningen fordi fundamentalistene gjorde slutt på stridighetene i landet.

Taliban satt med regjeringsmakten i Afghanistan til oktober 2001. Da ble de drevet ut av regjeringskontorene av USA (jf 11.09) etter at de nektet å utlevere Al-Qaida-lederen Osama bin-Laden til USA. Siden den tid har Taliban ligget i strid med de nye myndighetene i Kabul og deres internasjonale støttespillere.

Det er særlig blant pasjtuner at Taliban har stor oppslutning, og pasjtunere bor det mange av også i de (nærmest selvstyrte) delene av Pakistan som grenser opp til Afghanistan. Fra ca 2007 opererer Taliban mer og mer på begge sider av grensen.